По линии научных разработок КубГУ занимает лидирующие позиции среди вузов Кубани. Здесь успешно развиваются приоритетные для государства научные направления, связанные с внедрением нано-, био-, информационных и телекоммуникационных технологий. В 2012 г. сумма финансирования научных исследований и разработок составила 250 586,1 тыс. руб., учеными вуза было выполнено 385 проектов. Это лучшие показатели среди всех высших учебных заведений Краснодарского края. Наука в университете всегда была на почетном месте. Особенность научно-исследовательской деятельности университета - продвижение фундаментальной науки в прикладные исследования и внедрение результатов в практику.