Для Кубанского государственного университета характерен высокий уровень научных исследований. Приоритетными направлениями научно-инновационной деятельности вуза являются: развитие нанотехнологий и создание новых материалов, разработка эколого-аналитических технологий, систем обработки информации и технологий создания информационных ресурсов, биотехнологий и химических технологий. КубГУ – активный участник выставок и конференций международного и федерального уровней: Московский международный салон инноваций и инвестиций, Всемирный салон изобретение «Брюссель-Эврика», Международный салон изобретений «Конкурс Лепин» в Париже и др. Университет неоднократно становился победителем конкурсов в области качества. Имеет ряд грамот и наград за высокое качество научных исследований и разработок.