Научно-исследовательская деятельность Кубанского государственного университета осуществляется в соответствии с Приоритетными направлениями развития науки, технологий и техники РФ и Перечнем критических технологий РФ. В КубГУ создана многоуровневая исследовательская и инновационная инфраструктура, в которую входят 15 НИИ, учебно-научно-производственные комплексы; инновационные образовательные центры, Международный центр наук о Земле, геофизический полигон, астрофизическая станция, сейсмологическая лаборатория, информационно-аналитический центр. КубГУ является основным соучредителем региональных структур – инновационно-технологического центра «Кубань-Юг» и Центра трансфера технологий.