Функциональная МРТ используется в качестве подготовки перед хирургическим вмешательством (при наличии объемных образований или других изменений). Во время исследования определяется расположение функционально значимых зон коры (2 речевых центра, моторные и сенсорные центры коры для рук, ног и лица), их взаимоотношение с зоной патологических изменений, требующей оперативного вмешательства. Также фМРТ применяют у пациентов, находящихся в вегетативном состоянии, для оценки перспектив лечения.